gonzui Perl 対応 ですが、CVS で最新の修正を行っています。
package, use, sub などのパース（というかバッファリング）を行うようにしたので、関数定義や呼び出し、クラス定義にある程度対応できるようになりました。CPAN code search のほうは2日かけてインデクスが終わったのですが、上記の修正を反映させるためにもう1回インデクスしなおしているところです。
PPI ではマルチバイト文字がソースコードにはいっているとこける（その場合 text として fallback します）ようで、PPI::Tokenizer の該当部をコメントアウトすれば動くのですが、どう対応したらいいのかはちょっと作者とコンタクトとってみないとわからないですね。